Depende. O enquadramento como autônomo ou como empresa envolve a forma pela qual você irá atuar.

Se você assumir os riscos do negócio sozinho, isto é, sem sócio, deverá se registrar como autônomo, desde que não exerça atividade econômica organizada (como é o caso do vendedor ambulante, pois atua sem estrutura física organizada - estabelecimento - para exercer suas atividades).

Enquadram-se como autônomos, também, os que atuam individualmente em atividade de cunho intelectual, de natureza científica, literária ou artística (como é o caso do médico, engenheiro, advogado, artista, escritor).

Por outro lado, se você exercer uma atividade econômica organizada, isto é, com estrutura física organizada (estabelecimento) para a produção ou circulação de bens ou serviços, com ou sem sócios, será considerado "empresa". Se você tiver sócio deverá constituir uma "sociedade empresária". Se você não tiver sócio deverá se registrar como "empresário individual".

De um modo geral, a empresa possui carga tributária menor que a do autônomo. Isso dependerá de uma série de fatores, tais como o faturamento e atividade exercida.

Fonte: SEBRAE/SP